Un processus de destruction, bien étudié par l’historien et politologue américain Raul Hilberg, se met en place dans les pays occupés par l’Allemagne nazie. Dans chaque pays, les autorités d’occupation ou leurs alliés commencent par définir juridiquement qui est juif, puis les Juifs sont expropriés et rassemblés dans des ghettos ou internés dans des camps de transit.
Lorsqu’intervient la décision d’anéantir tous les Juifs, la méthode diffère selon les pays. En territoire soviétique occupé, les Kommandos de tuerie mobiles, passent à l’action à l’endroit même où ils se trouvent, tandis qu’ailleurs les victimes sont transportées vers les centres de mise à mort, parmi lesquels Auschwitz-Birkenau s’impose comme le centre du génocide des Juifs.
De toute l’Europe du Nord, du Sud, centrale, de l’Ouest, les Juifs sont déportés de manière systématique à partir de l’été 1942. Ces convois sont prioritaires et continuent à s’ébranler jusqu’à la fin de l’année 1944 alors que la guerre est perdue pour les nazis. Le ministère allemand des transports, avec le soutien de la compagnie des chemins de fer allemands et du bureau central de la sécurité du Reich (RSHA), organise ainsi en deux ans le transport de près de 3 millions de Juifs vers les centres de mise à mort.
Près de 250 000 Tsiganes sont également assassinés pendant la guerre.
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